Seiring berjalannya waktu dan dinamika organisasi TNI, POM TNI terus mengalami berbagai penyempurnaan.
Pada tahun 1950, CPM Daerah (CPMD) dan CPM Sumatera (CPMS) digabungkan menjadi CPM dengan markas besar di Yogyakarta, yang kemudian dipindahkan ke Jakarta.
Era reformasi membawa perubahan signifikan. Berdasarkan Keputusan Panglima TNI Nomor Kep/1/III/2004 tanggal 26 Maret 2004, penyelenggaraan fungsi kepolisian militer di lingkungan TNI dilaksanakan oleh POM Angkatan Darat (POMAD), POM Angkatan Laut (POMAL), dan POM Angkatan Udara (POMAU).
Baca Juga: Bukit Jamur Ciwidey, Keunikan Pohon Cemara Berbentuk Jamur di Tengah Kesejukan
Kemudian, pada tahun 2015, Panglima TNI Jenderal Moeldoko mengatur ulang struktur satuan POM menjadi POM TNI yang langsung berada di bawah komando Panglima TNI, menunjukkan betapa pentingnya peran POM dalam menjaga integritas TNI secara keseluruhan.